Si me retiro por problemas médicos del servicio no me reconocen mi junta médica?

Buen día, pertenezco al ejército nacional y durante mi tiempo de servicio he tenido problemas de salud, me dio hipertensión y tengo algunos problemas respiratorios que me han impedido cumplir con mi servicio en el área, realicé los exámenes pertinentes donde me demuestran que tengo esas enfermedades y solicité la junta médica, pero a la fecha no se me ha programado y llevo dos años esperando que se me sea programada para que me den el concepto. Ya de tanto esperar decidí pasar la baja, pero me dicen que si paso la baja no me tendrán en cuenta la junta médica y en caso de seguir en vida civil con esas enfermedades la entidad no me responderá por eso. Que puedo hacer en este caso?