¿Registrar matrimonio en el consulado o en Madrid?

Hola, buenas tardes. Soy ciudadano español que reside en Colombia, me acabo de casar con una colombiana y quiero volver a vivir en Madrid. Nuestra idea es mudarnos en menos de dos meses.

1) ¿Es preferible hacer el registro del matrimonio en el consulado o en el registro central en Madrid?

2) Si viajamos y hacemos el registro en España, ¿puede mi pareja permanecer más de los 90 días mientras se resuelve?

Muchas gracias!