Retiro de las fuerzas militares por problemas medicos

Soy miembro del ejército nacional y durante mi tiempo de servicio enferme de hipertensión y algunos problemas respiratorios que me han impedido cada día desarrollar mis actividades en el servicio, me realicé los exámenes donde comprueban dichas enfermedades, entonces solicité la junta médica pero ya llevo dos años esperando a que me la programen, entonces ya de tanta espera y por problemas médicos decidí pasar la baja, pero me dicen que si paso la baja no me agilizan la junta médica y no me la reconocerán, así ya en la vida civil si sigo con esas enfermedades que me dieron en el servicio no tengo derecho a que me reconozcan por eso. En este caso que puedo hacer?